1. Od dnia 27.06.2014 r. Zespół Audytu i Kontroli Urzędu Miasta Bydgoszczy prowadzi kontrolę w  Urzędzie Miasta Bydgoszczy w zakresie prawidłowości i terminowości udokumentowania obrotu składnikami majątku Miasta Bydgoszczy w związku  z realizacją wybranych zadań  ze szczególnym uwzględnieniem  lat 2011- 2013 (kontrola zawieszona).

2. Od dnia 28.02.2023r. Wojewódzki Urząd Ochrony Zabytków w Toruniu prowadzi kontrolę w trybie uproszczonym pracy Miejskiego Konserwatora Zabytków w Bydgoszczy dotyczącą odmowy rozbiórki budynku przy ul. Jagiellońskiej 65 w Bydgoszczy w zakresie prawidłowości postępowania administracyjnego.

3. Od dnia 16.06.2023r. Kujawsko-Pomorski Urząd Wojewódzki w  Bydgoszczy prowadzi w Urzędzie Miasta Bydgoszczy kontrolę doraźną, której przedmiotem jest organizacja łączności w „Radiowej Sieci Zarządzania Wojewody” oraz systemu ostrzegania i alarmowania wraz z oprogramowaniem wykorzystywanym przez właściwe komórki ds. zarządzania kryzysowego w jednostkach samorządu terytorialnego na potrzeby informowania ludności cywilnej, na terenie województwa kujawsko-pomorskiego o zagrożeniach atmosferycznych, chemicznych, biologicznych i radiacyjnych oraz ostrzegających przed uderzeniami z powietrza.

4. Od dnia 27.06.2023r. Wojewódzki Urząd Ochrony Zabytków w Toruniu prowadzi kontrolę w trybie uproszczonym pracy Miejskiego Konserwatora Zabytków w Bydgoszczy, której przedmiotem jest ocena prawidłowości postępowania administracyjnego w sprawie wydania decyzji - pozwolenia na prowadzenie robót budowlanych na obszarze wpisanego do rejestru zabytków historycznego układu urbanistycznego, ruralistycznego lub zespołu – budowy urządzeń hydrotechnicznych przy ul. Tamka w Bydgoszczy.

5. Od dnia 27.06.2023r. Wojewódzki Urząd Ochrony Zabytków w Toruniu prowadzi kontrolę pracy Miejskiego Konserwatora Zabytków w Bydgoszczy. Kontrolą objęto okres od 01.01.2022r. do 31.12.2022r.

6. Od dnia 15.11.2023 r. Archiwum Państwowe w Bydgoszczy prowadzi w Urzędzie Miasta Bydgoszczy kontrolę w zakresie:
1) Przestrzeganie trybu i zasad przekazywania dokumentacji z komórek organizacyjnych do archiwum zakładowego. 
2) Sprawdzenie prawidłowości klasyfikowania i kwalifikowania dokumentacji w Urzędzie Miasta  Bydgoszczy w tym dokumentacji znajdującej się w archiwum zakładowym, prowadzenia środków ewidencji, stanu technicznego dokumentacji, warunków jej przechowywania i zabezpieczenia.
3) Postępowanie z dokumentacją elektroniczną zgromadzoną w systemach EZD i systemach teleinformatycznych do obsługi określonych zadań.

7. Od dnia 06.02.2024r. CINEA-ELMEN prowadzi kontrolę projektu LIFE Mapping Air.

8. Od dnia 07.02.2024r. Urząd Marszałkowski Województwa Kujawsko – Pomorskiego w Toruniu prowadzi kontrolę planową projektu nr RPKP.10.02.02-04-0027/20 pt. „ZADANIE PLANOWANIE”.

9. Od dnia 04.03.2024r. Instytucja Zarządzająca Funduszami Europejskimi dla Kujaw i Pomorza 2021-2027 prowadzi planową kontrolę systemową w Instytucji Pośredniczącej - Miasto Bydgoszcz, Biuro Zintegrowanych Inwestycji Terytorialnych Bydgoskiego Obszaru Funkcjonalnego przy ul. Jagiellońskiej 61 w  Bydgoszczy. 

10. Od dnia 22.04.2024r. Najwyższa Izba Kontroli Delegatura w Bydgoszczy prowadzi w Urzędzie Miasta Bydgoszczy kontrolę pt. „Rozbudowa Teatru Polskiego im. Hieronima Konieczki w Bydgoszczy”.

11. Od dnia 12.06.2024r. Kujawsko - Pomorski Urząd Wojewódzki w  Bydgoszczy prowadzi kontrolę gospodarowania nieruchomościami Skarbu Państwa w latach 2020 - 2023.

12. Od dnia 28.06.2024r. Urząd Marszałkowski Województwa Kujawsko – Pomorskiego w Toruniu prowadzi kontrolę planową projektów: nr RPKP.12.01.00-04-0001/23 pt. „Wsparcie potencjału administracyjnego IP ZIT BydOF w roku 2023” oraz nr RPKP.12.02.00-04-0001/23 pt. „Informacja i promocja RPO WK-P w ramach ZIT BydOF na 2023 rok”.