1. Od dnia 27.06.2014 r. Zespół Audytu i Kontroli Urzędu Miasta Bydgoszczy prowadzi kontrolę w  Urzędzie Miasta Bydgoszczy w zakresie prawidłowości i terminowości udokumentowania obrotu składnikami majątku Miasta Bydgoszczy w związku  z realizacją wybranych zadań  ze szczególnym uwzględnieniem  lat 2011- 2013 (kontrola zawieszona).

2. Od dnia 28.02.2023r. Wojewódzki Urząd Ochrony Zabytków w Toruniu prowadzi kontrolę w trybie uproszczonym pracy Miejskiego Konserwatora Zabytków w Bydgoszczy dotyczącą odmowy rozbiórki budynku przy ul. Jagiellońskiej 65 w Bydgoszczy w zakresie prawidłowości postępowania administracyjnego.

3. W dniach od 03.04.2023r. do 07.04.2023r. Urząd Marszałkowski Województwa Kujawsko – Pomorskiego w Toruniu przeprowadził kontrolę planową realizacji projektu nr RPKP.10.02.01-04-0021/20  pt. „Akademia Przedszkolaka 4”.

4. Od dnia 16.06.2023r. Kujawsko-Pomorski Urząd Wojewódzki w  Bydgoszczy prowadzi w Urzędzie Miasta Bydgoszczy kontrolę doraźną, której przedmiotem jest organizacja łączności w „Radiowej Sieci Zarządzania Wojewody” oraz systemu ostrzegania i alarmowania wraz z oprogramowaniem wykorzystywanym przez właściwe komórki ds. zarządzania kryzysowego w jednostkach samorządu terytorialnego na potrzeby informowania ludności cywilnej, na terenie województwa kujawsko-pomorskiego o zagrożeniach atmosferycznych, chemicznych, biologicznych i radiacyjnych oraz ostrzegających przed uderzeniami z powietrza.

5. Od dnia 27.06.2023r. Wojewódzki Urząd Ochrony Zabytków w Toruniu prowadzi kontrolę w trybie uproszczonym pracy Miejskiego Konserwatora Zabytków w Bydgoszczy, której przedmiotem jest ocena prawidłowości postępowania administracyjnego w sprawie wydania decyzji - pozwolenia na prowadzenie robót budowlanych na obszarze wpisanego do rejestru zabytków historycznego układu urbanistycznego, ruralistycznego lub zespołu – budowy urządzeń hydrotechnicznych przy ul. Tamka w Bydgoszczy.

6. Od dnia 27.06.2023r. Wojewódzki Urząd Ochrony Zabytków w Toruniu prowadzi kontrolę pracy Miejskiego Konserwatora Zabytków w Bydgoszczy. Kontrolą objęto okres od 01.01.2022r. do 31.12.2022r.

7. Od dnia 15.11.2023 r. Archiwum Państwowe w Bydgoszczy prowadzi w Urzędzie Miasta Bydgoszczy kontrolę w zakresie:
1) Przestrzeganie trybu i zasad przekazywania dokumentacji z komórek organizacyjnych do archiwum zakładowego. 
2) Sprawdzenie prawidłowości klasyfikowania i kwalifikowania dokumentacji w Urzędzie Miasta  Bydgoszczy w tym dokumentacji znajdującej się w archiwum zakładowym, prowadzenia środków ewidencji, stanu technicznego dokumentacji, warunków jej przechowywania i zabezpieczenia.
3) Postępowanie z dokumentacją elektroniczną zgromadzoną w systemach EZD i systemach teleinformatycznych do obsługi określonych zadań.

8. Od dnia 06.02.2024r. CINEA-ELMEN prowadzi kontrolę projektu LIFE Mapping Air.